Раньше сыр изготавливался из сырого молока. Сегодня при производстве многих сортов сыра используется пастеризованное молоко.
Для производства сыра из сырого молока, например, таких сортов как Emmentaler AOP, Gruyère AOP, Sbrinz AOP и других деликатесных сыров, молоко перерабатывается в сыр без термической обработки. В результате естественные ферменты молока и бактерии остаются активными. При созревании сыра они проявляют себя, создавая ароматы, которых нет в сыре, произведенном из пастеризованного молока. Сыр, произведенный из сырого молока, с возрастом приобретает все более выраженный вкус и аромат.
Перед началом изготовления сыра из пастеризованного молока производится нагрев молока до температуры не менее 72 °С (в течение 15 секунд) с последующим охлаждением. Это деактивирует естественные ферменты и бактерии молока. Для созревания сыра используются специальные ароматизирующие микроорганизмы (бактерии). Сыр из пастеризованного молока часто употребляется молодым и имеет более мягкий вкус, чем сыр из сырого молока. Известными сортами являются, например, зеленый тильзитер, моцарелла и большинство мягких сыров.