Seuraavaksi siirrytään kypsytyskellariin: Juuston kypsytys käsittää kaikki juustossa tapahtuvat entsymaattiset vaiheet. Kypsytyksessä jokseenkin mauton tuore valkuainen muuttuu notkeaksi ja maukkaaksi juustoksi, jolla on lukuisia ominaisuuksia.
Juuston kypsytys aiheuttaa juustossa optisia, kemiallisia ja mikrobiologisia muutoksia:
- Silmämääräisesti havaittavissa on ulkopintaan muodostunut kuori, sisälle syntyneet reiät ((infolaatikko)), juustomassan notkeus ja värimuutokset.
- Biokemiallisissa prosesseissa valkuainen hajotetaan osiinsa aminohapoiksi, mikä aiheuttaa muutoksia juustomassan koostumukseen ja tekee siitä elimistössä helpommin sulavaa.
- Mikrobiologiset vaikutukset sekä erilaiset valmistusmenetelmät vaikuttavat reikien muodostumiseen.
Kypsytys kestää muutamasta päivästä useampaan kuukauteen tai vuoteen. Kypsytyksen aikana juustomassa muuttuu kiinteäksi juustoksi. Kypsytyksen kesto riippuu juuston lajista ja koosta, ja se on määritelty teknisissä eritelmissä ja markkinasäännöksissä.
Ranskalaiset käyttävät juuston kypsytysprosessista nimitystä affinage. Affineur (kypsyttäjä) antaa juustolle loppusilauksen kypsytysvaiheessa, ja juusto pääsee myyntiin vasta silloin, kun se on saavuttanut kypsymisen huipun. Tämä prosessi vaatii erikoisosaamista. Tässä vaiheessa juuston aromiin voidaan lisäksi vaikuttaa esimerkiksi käsittelemällä sitä rypälemehulla, valkoviinillä tai yrttiliuoksella.